Après Ebola, les séquenceurs d’Oxford Nanopore à l’épreuve du Coronavirus en Chine

200 séquenceurs d’Oxford Nanopore ont quitté le Royaume-Uni pour la Chine  avec pour mission « de prendre en charge le séquençage rapide du coronavirus avec des échantillons proches pour surveiller l’épidémie ». Dr Gordon Sanghera ,  Pdg d’Oxford Nanopore ,   a fait des confidences sur l’engagement de sa structure dans la lutte contre cette épidémie inconnue qui a pris de cours les Etats du monde.

 

Après avoir apporté un soutien appuyé aux professionnels de la santé publique en Chine et avoir collaboré avec eux, Oxford Nanopore a expédié 200 séquenceurs MinION supplémentaires et fournitures connexes en Chine. Ceux-ci seront utilisés pour prendre en charge la surveillance en cours de l’actuelle épidémie de coronavirus et s’ajouteront au grand nombre de dispositifs déjà installés dans le pays.

Juguler rapidement le Coronavirus 

Oxford Nanopore s’emploie déjà à apporter son soutien à plus de 100 laboratoires de santé publique en Chine, ainsi qu’à bon nombre de laboratoires de microbiologie chinois et de scientifiques de la santé publique mondiale, alors qu’une communauté croissante de scientifiques participe au processus de surveillance.

« Nous avons le privilège de travailler avec une communauté mondiale de scientifiques pour les aider à mieux comprendre cette épidémie »

« Nous avons le privilège de travailler avec une communauté mondiale de scientifiques pour les aider à mieux comprendre cette épidémie », a déclaré le Dr Gordon Sanghera, Président Directeur Général d’Oxford Nanopore.  Il ajoute : « Nous espérons que la vision de Nanopore, qui consiste à permettre à toute personne d’accéder à des informations biologiques, où qu’elle soit, pourra avoir un impact positif et nous sommes extrêmement reconnaissants du soutien de la communauté alors que nous nous efforçons de juguler au mieux et rapidement cette épidémie ».

Face à Ebola, le séquenceur MinION a fait ses preuves

 Le séquenceur MinION a été conçu pour être largement accessible. Il pèse moins de 100 g et fonctionne avec un ordinateur portable ou un accessoire spécial, le MinIT, pour effectuer l’analyse des données. Il transfère les données de la séquence en temps réel, ce qui permet un séquençage rapide. Il est bien adapté au séquençage rapide dans des lieux décentralisés. Précédemment, le dispositif a réalisé le séquençage dans des environnements ruraux ou éloignés, par exemple pour comprendre l’Ebola, le Zika ou la tuberculose.

« Nous avons pu produire des résultats moins de 24 heures après avoir reçu un échantillon positif à l’Ebola, le processus de séquençage ne prenant qu’entre 15 et 60 minutes. Nous montrons qu’une surveillance du génome en temps réel est possible dans des contextes où les ressources sont limitées et qu’elle peut être mise en place rapidement pour surveiller les épidémies » – Josh Quick, université de Birmingham, Nature, 2016.

Le séquençage rapide du coronavirus a été un outil essentiel pour comprendre l’épidémie. Les informations sur la séquence sont généralement associées à des données de localisation et de temps pour donner un aperçu de la manière dont le virus se propage et dont il se transforme.

La technologie de séquençage d’Oxford Nanopore a été utilisée dans bon nombre des premiers génomes de coronavirus provenant de Chine, y compris le premier génome publié dans le New England Journal of Medicine (NEJM) et le « groupe » de génomes indiquant une transmission interhumaine qui ont été publiés dans The Lancet et les premiers génomes publiés aux États-Unis.

Les chercheurs de la communauté scientifique ont développé des protocoles pour le séquençage par les nanopores du nCoV ; Oxford Nanopore travaille avec la communauté scientifique à l’optimisation de ces protocoles.

 

Afrique-54 avec Oxford Nanopore

 

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